El ecosistema es un sistema complejo formado por tramas de elementos físicos (biotopo) y biológicos (biocenosis o comunidad de organismos), es decir un ecosistema es un complejo dinámico de comunidades vegetales, animales y de microorganismos y su medio no viviente que interactúan como una unidad funcional. 

El relieve es el factor modificador del clima de mayor  importancia, los  distintos  tipos  climáticos  están  relacionados  principalmente  con  la  altitud. Surge así el concepto de pisos térmicos, también llamados pisos climáticos, pisos bióticos o pisos ecológicos, dependiendo de los criterios que tomemos en cuenta.

La pendiente es la representación numérica del grado de inclinación del terreno, este valor se expresa en grados o porcentajes, siendo este último el que más se utiliza.  

Se denomina zona de vida a las áreas donde las condiciones ambientales son similares de acuerdo a parámetros de temperatura, precipitación pluvial y evapotranspiración.

Según el sistema de clasificación de vegetación para el Ecuador en la parroquia Jerusalén se identificaron tres zonas de vida:

Las zonas de páramo   y vegetación natural son los que tuvieron una valoración de muy alto a alto por la presencia de la diversidad de flora  y  fauna mientras que las áreas de pasto cultivado y vegetación exótica en pendientes mayores a 50% presentan  bajo valor científico-cultural.

FLORA.

La En la parroquia Jerusalén de las 39 715,04 ha del Bosque Protector Machangara- Tomebamba 3977,75 ha se localizan en la parroquia Jerusalén es decir el 10.01% del total del bosque.

Flora.

La vegetación nativa de esta zona está compuesta por chachaco, huabisay, pumamaqui, zhiripe, guayusa, chul chul, duco, jigua, guagra-manzana. Aliso (Alnus jorullensis); Amay (Clusia glabra); Arrayán (Eugenia  sp.); Cascarilla (Chinchona sp.); Facte (Ocotea sp); Guagual (Myrtus sp); Higuerón (Ficus sp.); Ishpingo (Ocotea sp.); Motilón (Hyeronima sp.); Pacarcar (Esteomeles ferruginea); Pumamaqui (Oreopanax sp.); Quinua (Polylepis incana); Quishuar (Budleja incana); Pernettia prostrata; Lachemilla hispidula; Romerillo (Podocarpus sp.); Sarar (Weintwria fagaroides).

La cobertura que predomina en la parroquia es Páramo con el 55,90%, área que está  principalmente  dentro del Bosque Protector Machangara  – Tomebamba y donde se localizan las fuentes hídricas que abastecen a la parroquia y al cantón. Pasto cultivado es la segunda cobertura que existe en la parroquia, alcanza el 36,79%  del territorio parroquial, está cobertura se localiza en los límites con  el páramo.

Vegetación exótica  representa el 3,75% del territorio, en las partes bajas  de la parroquia  se  localiza  eucalipto en las riberas de los río y en las pendientes mientras que en las partes altas,  el pino y ciprés han intervenido en los ecosistemas naturales. 1,71% está representado por vegetación natural, ecosistema que tiende a desaparecer por el avance de las actividades antrópicas  en cambio  cultivos de ciclo corto junto con pasto cultivado alcanzan el 1,04% ubicado principalmente cerca del centro parroquial.

En el 0,55% de la  superficie parroquial  está conformada por las plantaciones florícolas que se localizan en las comunidades de Hondoturo y La Carmela.

FAUNA.

La Fauna de la Parroquia es variada y limitada, pero si por tener zona protegida, poseemos una variedad importante de Flora y Fauna, entre los cuales encontramos:

Mamíferos.

Conejo (Sylvilagus brasiliensis), Chucurillo (Mustela frenata), Venado (Odocoileus virginianus). Guatusa, armadillo, etc.

Aves.

Mirlo (Turdus fuscater); Gavilán (Buteo sp.); Pava (Penelope montagnii); Quilico (Falxo sparverius); Quinde, perdiz, loros, etc.

Paisajístico: excelencia plástica, olfativa o  táctil de  la unidad,  que  viene  denunciada  por  indicadores  de percepción  sensorial  a)  positivos:  complejidad  de  la  textura (del tejido paisajístico), presencia de agua  limpia y corriente, espectacularidad estacional, colorido, ruidos naturales de las frondas  o  de  animales  salvajes,  posibilidad  de  observar animales  silvestres,  etc.,  y b)  negativos:  suciedad, presencia de  edificios  o  instalaciones  discordantes,  ruidos desagradables, etc.